Metroid Prime: Sinstesis.

Después de los eventos de Metroid Fusion, el parásito X se está convirtiendo en una fuerza desenfrenada en la galaxia. Dado que los metroides, que son los predadores naturales del parásito X, están extintos, el único ADN metroid que existe está contenido dentro del cuerpo de Samus debido al procedimiento de fusión. Samus es, por supuesto, llamada a ser la primera línea de defensa contra el parásito X, pero en una misión extremadamente peligrosa es asesinada, pero no antes de que su conciencia sea transferida a una base de la Federación Galáctica. Un nuevo cuerpo es reconstruido para ella, pero como fue creado usando ADN humano normal, ahora es incompatible con su armadura y tiene que volver a obtener sus poderes una vez más. Mientras tanto, su viejo cuerpo todavía existe, y es recuperado por los piratas espaciales después de la batalla. Los piratas espaciales rápidamente se dan cuenta de que su cuerpo contiene ADN metroid, y se dan cuenta de que pueden cortarlo y venderlo en todo el mercado negro galáctico. Por supuesto, cae en manos equivocadas y alguna parte desconocida comienza a usar las partes del cuerpo de Samus para clonar un ejército de metroids (Incluso con sus antiguas habilidades, como los X en Metroid Fusion). Samus se encarga de localizar a quienquiera que sea responsable para recuperar las partes de su cuerpo, así como para poner fin al ejército metroid sintetizado (todo mientras sigue luchando contra los piratas espaciales, el parásito X, y se vuelve a acostumbrar a su armadura y nuevo cuerpo) pero ella está en conflicto por el hecho de que, primero, es una oportunidad para salvar a la especie metroid de la extinción y segundo, todos los metroids literalmente vienen de ella ahora, por lo que es como su madre.