¿Soy ingenuo si opino que el instinto de conocimiento es la más grandiosa facultad del ser humano? Así pues, ¿por qué limitar el poder que ha empujado, ha elevado, a la humanidad hasta colocarla, para bien o para mal, como nueva especie superior en este, nuestro planeta?

Nietzsche tiene claro que es necesario poner límites, dominar el instinto de conocimiento (F. Nietzsche. El libro del filósofo pág. 17).
Es cierto que si nos situamos en una comprensión más amplia de la realidad, deshechando la metafísica, cabe preguntarse ¿hasta dónde llega lo positivo de la ciencia moderna? Nos lleva a una visión antropomórfica de la realidad, según Nietzsche esto nos distancia de la misma; la realidad no puede ser clasificada ni conocida. Claro que todo son perspectivas.
"Pero Heráclito tendrá eternamente razón al decir que el ser es una ficción vacía."

La única limitación que podemos imponerle con justicia al instinto de conocimiento es enfocarlo según consideremos más necesario, en una dirección u otra, pues de otra forma, no es productivo, nuestra vida siempre nos parecerá corta, sin importar cuanto tiempo vivamos. El aprender ha de tener ciertas pautas para ser productivo. 

Respecto al asunto del ser, en mi opinión, si es cierto que los conceptos nos alejan de comprender la realidad tal y como es, es un precio que debemos pagar, ya que clasificar la realidad en conceptos es la única manera que tenemos de conocerla, de acercarnos de alguna manera a ella. Al menos en las condiciones que nos brinda nuestra cultura, tan alejada ya de la naturaleza.